Ngày 20 tháng 12 năm 1913, Pershing nhận lệnh chỉ huy Lữ đoàn 8 tại Presidio, San Francisco. Với căng thẳng ngày càng cao tại biên giới giữa Hoa Kỳ và Mexico, lữ đoàn đã được triển khai đến Fort Bliss, Texas vào ngày 24 tháng 4 năm 1914.

Cái chết của vợ và con

Sau một năm ở Fort Bliss, Pershing quyết định đưa gia đình đến đó. Sự sắp xếp gần như hoàn tất, vào sáng ngày 27 tháng 8 năm 1915, ông nhận được một bức điện báo là một đám cháy ở Presidio, San Francisco, nơi một tầng chứa sơn bị cháy và ngọn lửa lan nhanh, dẫn đến cái chết do ngạt khói của vợ ông và ba cô con gái nhỏ, Mary, 3 tuổi, Anne, 7 tuổi, và Helen, 8 tuổi. Chỉ có đứa con trai 6 tuổi của ông là Francis Warren sống sót. Sau đám tang tại nghĩa trang Lakeview ở Cheyenne, Wyoming, Pershing trở lại Fort Bliss cùng với con trai, Warren, và em gái May, và tiếp tục nhiệm vụ của mình với tư cách là sĩ quan chỉ huy.

Mối quan hệ với Nita Patton

Hai năm sau cái chết của vợ và con, Pershing đã có tình cảm với Anne Wilson "Nita" Patton, em gái của, George S. Patton. Pershing gặp bà khi bà tới Fort Bliss để thăm anh trai, và George S. Patton giới thiệu họ với nhau. Pershing và Nita Patton nhanh chóng bắt đầu một mối quan hệ; Tuy nhiên năm 1917, hai người đã chấm dứt mối quan hệ khi Pershing ở Pháp trong Thế chiến thứ nhất. Nita Patton chưa bao giờ kết hôn, và Pershing cũng không bao giờ tái hôn.